С принятием 8 января 1998 года Федерального закона № 7-ФЗ «О Судебном департаменте при Верховном Суде Российской Федерации» в каждом российском регионе начался процесс становления нового ведомства – Управления Судебного департамента.

В Республике Марий Эл территориальное Управление Судебного департамента создано в июле 1998 года. Оно призвано осуществлять организационное, кадровое, финансовое, материально-техническое, информационное обеспечение деятельности районных (городских) судов республики, органов судейского сообщества.

В разные годы Управлением Судебного департамента в Республике Марий Эл руководили:

с июля 1998г. по август 2000г. - Валериан Александрович Егоров, кандидат юридических наук;

с августа 2000г. по апрель 2012г. - Раисия Александровна Васличева, государственный советник юстиции Российской Федерации 3 класса;

с 3 апреля 2012г. по 8 января 2013г. – Сергей Григорьевич Вайнштейн, государственный советник юстиции Российской Федерации 2 класса;

с 9 января 2014г. по настоящее время - Владимир Дмитриевич Шагов, советник юстиции 1 класса.

В структуру Управления входят пять отделов:

- отдел организационно-правового обеспечения деятельности судов;

- отдел финансов, бухгалтерского учета и отчетности;

- отдел государственной службы и кадров;

- отдел капитального строительства и материально-технического обеспечения деятельности судов;

- отдел по вопросам противодействия коррупции и правового обеспечения.